Der DHZC-Verwaltungsrat fungiert als Aufsichts- und Entscheidungsgremium, das die strategische Ausrichtung des DHZC verantwortet. Seine Aufgaben umfassen die Genehmigung des Teilbudgets sowie die Überwachung der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit und der Einhaltung gesetzlicher Vorgaben. Er trifft wesentliche Entscheidungen bezüglich Bau- und Investitionsvorhaben, der Bestellung der Mitglieder des DHZC-Bereichsvorstands und der strategischen Weiterentwicklung des DHZC.

Zu den Mitgliedern des DHZC-Verwaltungsrats zählen:

• Prof. Dr. Heyo K. Kroemer, Vorstandsvorsitzender der Charité – Universitätsmedizin Berlin (Vorsitzender des DHZC-Verwaltungsrats)
• Prof. Dr. Hans Maier, Vorstandsvorsitzender der Stiftung Deutsches Herzzentrum (stellvertretender Vorsitzender des DHZC-Verwaltungsrats)
• Jan Eder, Stellvertretender Vorstandsvorsitzender der Stiftung Deutsches Herzzentrum
• Irmtraut Gürkan, Diplom-Volkswirtin, zuletzt Kaufmännische Direktorin des Universitätsklinikums Heidelberg, stellvertretende Vorsitzende des Aufsichtsrats der Charité
• Prof. Dr. Dr. Beate Kampmann, Wissenschaftliche Centrumsleitung am Charité Center for Global Health
• Prof. Dr. Jürgen Mlynek, Vorsitzender der Falling Walls Foundation und Vorstandsmitglied der DHZB Stiftung